Η εξαφάνιση και η διάσπαση των οικοτόπων λόγω ανθρώπινης δράσης- αποδάσωση και αποξήρανση βάλτων προς όφελος της γεωργίας, της αστικοποίησης και της εγκατάστασης βιομηχανιών- αποτελεί τη μεγαλύτερη απειλή για τα είδη ζώων και φυτών.

Άλλες απειλές είναι η υπερεκμετάλλευση (υπεραλίευση και υπερβολική κυνηγετική δραστηριότητα) και η ρύπανση. Επίσης, οι ξένες εισαγόμενες από τον άνθρωπο είδη μπορούν να αποτελέσουν απειλή. Επιπλέον, η κλιματική αλλαγή παίζει όλο και μεγαλύτερο ρόλο.

Στη Κόκκινη Λίστα της IUCN (Διεθνής Ένωση για τη Διατήρηση της Φύσης) περιλαμβάνονται 26.197 είδη απειλούμενων ζώων και φυτών, εκ των οποίων περισσότερα από 8000 είδη σπονδυλωτών που είναι ευάλωτα, απειλούμενα ή σοβαρά απειλούμενα (2386 ψάρια, 2100 αμφίβια, 1469 πουλιά, 1215 ερπετά και 1204 θηλαστικά).