La desaparición y fragmentación de hábitats debido a la actividad humana - la deforestación y el drenaje de humedales para la agricultura, la urbanización y el establecimiento de industrias - representa la mayor amenaza para las especies animales y vegetales.

Otras amenazas incluyen la sobreexplotación (sobrepesca y caza demasiado intensiva) y la contaminación. Además, las especies exóticas introducidas por los humanos pueden representar una amenaza. Además, el cambio climático juega un papel cada vez más importante.

En la Lista Roja de la UICN (Unión Internacional para la Conservación de la Naturaleza) hay 26.197 especies de animales y plantas amenazadas, de las cuales más de 8000 especies de vertebrados son vulnerables, amenazadas o en peligro crítico (2386 peces, 2100 anfibios, 1469 aves, 1215 reptiles y 1204 mamíferos).