La disparition et la fragmentation des habitats en raison des activités humaines - déforestation et drainage des zones humides au profit de l'agriculture, de l'urbanisation et de l'établissement d'industries - constituent la plus grande menace pour les espèces animales et végétales.

D'autres menaces comprennent la surexploitation (surpêche et chasse trop intensive) et la pollution. De plus, les espèces exotiques introduites par l'homme peuvent constituer une menace. En outre, le changement climatique joue un rôle de plus en plus important.

La Liste rouge de l'UICN (Union internationale pour la conservation de la nature) comprend 26 197 espèces d'animaux et de plantes menacées, dont plus de 8000 espèces de vertébrés sont vulnérables, menacées ou gravement menacées (2386 poissons, 2100 amphibiens, 1469 oiseaux, 1215 reptiles et 1204 mammifères).