La scomparsa e la frammentazione degli habitat a causa delle attività umane - deforestazione e drenaggio delle zone umide a favore dell'agricoltura, dell'urbanizzazione e dell'insediamento di industrie - rappresentano la maggiore minaccia per le specie animali e vegetali.

Altre minacce includono l'eccessivo sfruttamento (sovrapesca e caccia troppo intensiva) e l'inquinamento. Inoltre, le specie esotiche introdotte dagli esseri umani possono costituire una minaccia. Inoltre, il cambiamento climatico sta assumendo un ruolo sempre più significativo.

La Lista Rossa dell'IUCN (Unione Internazionale per la Conservazione della Natura) include 26.197 specie di animali e piante minacciate, di cui oltre 8000 specie di vertebrati sono vulnerabili, minacciate o in pericolo critico (2386 pesci, 2100 anfibi, 1469 uccelli, 1215 rettili e 1204 mammiferi).