Znikanie i fragmentacja siedlisk spowodowane działalnością człowieka - wylesianie i osuszanie terenów podmokłych na potrzeby rolnictwa, urbanizacji i zakładania przemysłu - stanowi największe zagrożenie dla gatunków zwierząt i roślin.

Inne zagrożenia to nadmierna eksploatacja (przełowienie i zbyt intensywne polowanie) oraz zanieczyszczenie. Również gatunki obce wprowadzone przez człowieka mogą stanowić zagrożenie. Ponadto zmiana klimatu odgrywa coraz większą rolę.

Na Czerwonej Liście IUCN (Międzynarodowa Unia Ochrony Przyrody) znajduje się 26 197 gatunków zagrożonych zwierząt i roślin, w tym ponad 8 000 gatunków kręgowców, które są klasyfikowane jako wrażliwe, zagrożone lub krytycznie zagrożone (2 386 ryb, 2 100 płazów, 1 469 ptaków, 1 215 gadów i 1 204 ssaków).